Iskreno, nisam još uvek imao kontakt sa tom vrstom web aplikacija koja bi komunicirala sa nekim uređajem ali sam poprilično siguran da sam PHP ne može da dohvati samostalno podatke sa USB-a. Ono što ti je potrebno jeste standalone aplikacija koja će da kupi podatke sa uređaja i koja će sa druge strane da otvara HTTP konekciju ka serveru gde ti je PHP aplikacija i da joj isporučuje podatke. Nešto između mora da postoji.
Ako ti sistem prepozna taj uređaj kao USB flash memoriju (ili bilo koji drugi vid storage-a) pa ga mapira tako da možeš odmah da pristupiš podacima to će olakšati dosta posao jer ti je u tom slučaju OS olakšao onaj deo komunikacije za čitanje podataka sa uređaja. Sve što ti je tu potrebno jeste npr. C aplikacija (mada naravno može i C++, Java...). Ako postoje txt datoteke onda možeš direktno da ih šalješ serveru preko POST-a, ako su binarne onda moraš da znaš strukturu fajla kako bi znao način na koji ćeš čitati njegove podatke.
Podvlačim - samim PHP-om nećeš dohvatiti ništa sa tog uređaja jer PHP nije ni svestan da taj uređaj postoji (Server Side jezik). Moraš da imaš klijent aplikaciju na računaru koji je nakačen na uređaj koji će podatke da čita, pakuje i šalje preko HTTP(S)-a serveru.
Bad programmers worry about the code. Good programmers worry about data
structures and their relationships.